Os anos 1990 e o início do século 21 não foram fáceis para Doctor Who. Em 1989 a série foi finalizada, embora a palavra "cancelamento" nunca tenha sido usada. A produção só voltaria às telas em 2005, totalizando um período de 15 anos de hiato. Sylvester McCoy e Sophie Aldred, respectivamente o sétimo Doutor e Ace, nem sabiam que estavam filmando o último episódio da série. Até mesmo o produtor John Nathan-Turner não podia prever a decisão, que veio do chefe da emissora, Michael Grade. Um ano depois o escritório de produção de Doctor Who foi fechado de forma definitiva.
Diante desse cenário, as pessoas envolvidas com a série - dentro e fora das telas - tiveram que recorrer a outros tipos de mídia para não deixar a série morrer. O universo expandido inclui audiodramas, livros, quadrinhos e animações que podem ser divididas entre oficiais e não-oficiais.
Livros
A editora Virgin Books começou a publicar livros oficiais da série partindo exatamente do fim do episódio Survival, com o sétimo Doutor e Ace, companheira que mais tarde foi substituída por Bernice Summerfield. Essas aventuras receberam o nome de Virgin New Adventures e tem como autores Paul Cornell, Gareth Roberts, Russell T. Davies - que viria a se tornar o showrunner da série em 2005 - e Mark Gatiss, um dos atuais roteiristas e produtores de Doctor Who e Sherlock. Histórias com os Doutores do passado, além de outros personagens e criaturas, eram chamadas de Virgin Missing Adventures e uma terceira coleção, entitulada Virgin Decalogs, trazia contos também com antigos Doutores - entre os autores, Steven Moffat, o atual showrunner da série de TV. Após perder a licença para a BBC Books em 1997, a Virgin passa a publicar as Bernice Summerfield New Adventures, contando as histórias da companheira sem o Doutor.
Agora a divisão de livros da BBC era oficial e em 1996 ela passa a publicar histórias contando as aventuras do oitavo Doutor, que apareceu pela primeira vez no filme de 1996. Assim, surgem as linhas BBC Eighth Doctor Adventures (com mais de setenta títulos), BBC Past Doctor Adventures e Short Trips. Essa última também publicava pequenos contos sobre os primeiros Doutores e foi vendida para a Big Finish em 2002. Um total de vinte e oito volumes foram publicados. Em 2005, a BBC Books suspendeu a produção de títulos com os Doutores antigos, já que a série voltava triunfante para as telinhas. Até hoje, histórias com os Doutores da era moderna são lançadas como aventuras complementares às da série de TV.
Audiodramas
Quando Doctor Who foi cancelada em 1989, muitos dos atores envolvidos na série continuavam apegados aos seus personagens. Para reviver seus momentos de glória, muitos deles, como Sylvester McCoy, Colin Baker e Sophie Aldred, acabaram gravando histórias em áudio. Essa produção pode ser dividida entre cânone e fora do cânone, encabeçados por duas empresas: BBV e Big Finish.
A BBV Productions nunca teve os direitos de Doctor Who (salvo raras exceções de um ou outro personagem) e, por isso, criava histórias em áudio com muitas referências "parecidas" com a série. Muitas vezes a BBC precisou intervir para não haver quebra de direitos autorais. Eles também filmaram muitas histórias em vídeo, aumentando ainda mais o catálogo de material fora do cânone.
Um nome que não deve deixar de ser mencionado para representar essa fase é o de Nicholas Briggs. Hoje ele faz parte da série dublando os vilões Daleks e Cybermen, além de ser o produtor executivo da Big Finish. Porém, durante o hiato, ele trabalhou incansavelmente em audiodramas, tanto da BBV, como da Big Finish, escrevendo e dublando histórias do Doutor. Ele ainda participou de uma dezena de documentários sobre Doctor Who, produzidos pela Reeltime Pictures, chamados de Myth Makers, onde entrevistava gente da produção da série clássica.
Finalmente, em 1998, é criada a famosa Big Finish, uma empresa focada em aventuras em áudio. Um ano mais tarde eles conseguiram a licença oficial da BBC para lançar as aventuras dos personagens da série clássica. As primeiras histórias acompanhavam a companheira Bernice Summerfield, agora dublada pela atriz Lisa Bowerman. A produção de áudios não parou desde então e até hoje são lançadas mensalmente novas histórias de Doctor Who dubladas pelos atores originais da série clássica (Tom Baker, Peter Davison, Colin Baker, Sylvester McCoy e Paul McGann), além da linha The Companion Chronicles, com as aventuras das companheiras do Doutor em sua vida pós-TARDIS - inclusive com novos personagens nunca vistos na TV. A empresa não tem autorização para lançar nada relacionado à série moderna, embora alguns atores como Arthur Darvill e Noel Clarke, que tiveram papéis de destaque na televisão, participem de áudios como outros personagens.
Para comemorar os 50 anos da série, a Big Finish lançará em novembro de 2013 o especial The Light at the End, com o quarto, quinto, sexto, sétimo e oitavo Doutores e as companheiras Leela, Nyssa, Peri e Ace, todos dublados pelos atores da série original.
Quadrinhos
As primeiras histórias em quadrinhos de Doctor Who datam de 1964, um ano após a estreia da série na televisão. Elas eram publicadas nas revistas TV Comic, Countdown e Polystyle. As aventuras, envolvendo os três primeiros Doutores, fugiam um pouco da temática da TV e eles viajavam com duas crianças, John e Gillian.
Finalmente, em 1979, a Marvel UK passou a produzir a Doctor Who Weekly, com histórias do quarto Doutor (Tom Baker), que estava no auge. Ela mudaria seu nome várias vezes até se tornar a Doctor Who Magazine em 1985, uma publicação mensal com informações de bastidores, entrevistas exclusivas e concursos para fãs, além de quadrinhos.
No início dos anos 1990, a Marvel vendeu a publicação para a Panini UK que, durante o hiato, continuou lançando aventuras assinadas por grandes nomes dos quadrinhos, como Alan Moore, Dave Gibbons, Mike McMahon e John Ridgway, entre outros. Essas histórias são consideradas como parte do cânone da série e a editora chegou a relançá-las em volumes especiais. A revista sobrevive até hoje e continua a lançar tirinhas com histórias do Doutor sob o comando do editor Tom Spilsbury. Em novembro, no aniversário da série, será lançada a edição de número 467.
Além disso, desde 2007, a IDW possui os direitos de Doctor Who e traz lançamentos mensais com aventuras dos novos Doutores, além de relançamentos de histórias da série clássica no Doctor Who Classics. Em 2011 foi lançado o primeiro crossover da série junto com o universo de Star Trek. A série Assimilation2 foi lançada em seis partes e trazia o Doutor, Amy e Rory a bordo da Enterprise.
Para comemorar o aniversário de 50 anos da série, a IDW está lançando desde janeiro a série especial chamada Prisoners of Time, de autoria de Andy Diggle, com uma aventura por mês para cada Doutor. Paul Cornell também assina um título one-shot com arte de Jimmy Broxton, que sairá no final de 2013.
Televisão
Em 1993, para comemorar os 30 anos da série, a BBC lançou o especial Dimensions in Time. Ele fazia parte do especial Children in Need (uma espécie de Criança Esperança inglês) e contava com vários Doutores e companheiras, além de ser um crossover com a série EastEnders, umas das novelas do canal. A controvérsia foi enorme, já que a história beirava o pastiche e jamais poderia ocorrer no mesmo universo de uma novela. Por isso pouca gente acha que ela é de fato cânone, apesar de ser produzida pelas mãos de Nathan-Turner.
Três anos depois, em 1996, em uma tentativa de fazer Doctor Who retornar aos holofotes, a BBC fez uma parceria com a americana Fox, produzindo o telefilme de uma hora e meia que levou apenas o nome de Doctor Who. Paul McGann encarnava o oitavo Doutor, que sofria a regeneração em uma cena gravada com Sylvester McCoy. A audiência nos Estados Unidos foi baixa mas, no Reino Unido, chegou aos quase 10 milhões de telespectadores. Por muito tempo, os fãs discutiram se ele era realmente parte do cânone, o que veio a ser confirmado apenas em 2005, quando Christopher Eccleston foi anunciado como o nono Doutor.
Uma nova tentativa de colocar Doctor Who na televisão foi feita em 1999. Mais uma vez, o tom era de pastiche, mas o especial The Curse of Fatal Death ficou famoso por colocar Rowan Atkinson, mais conhecido como o Mr. Bean, como a nova encarnação do Senhor do Tempo. O episódio ainda trazia mais gente famosa: Richard E. Grant (o Dr. Simeão da sétima temporada de Doctor Who), Jim Broadbent (Harry Potter), Hugh Grant (Um Grande Garoto), e as atrizes de Absolutely Fabulous Joanna Lumley e Julia Sawalha. Ele fez parte do Comic Relief, uma organização beneficente que criou o Red Nose Day. Steven Moffat foi o responsável pelo roteiro.
Quando a série completou 40 anos, foi lançada a animação Scream of the Shalka, de autoria de Paul Cornell. Ela foi ao ar em 2003, apenas pela internet, no site oficial da BBC. No mesmo ano, a emissora confirmou o retorno da série na TV - e é aí que começa a confusão. A história era protagonizada pelo nono Doutor, que foi dublado por Richard E. Grant. Todos acharam que ele seria o ator que viveria o personagem nas telinhas, mas não foi dessa vez: alguns meses depois, o nome de Eccleston foi confirmado pela emissora, e o especial ficou relegado ao posto de fora do cânone.
Em 2005, Doctor Who finalmente voltaria para os holofotes da BBC, com uma nova roupagem para atrair novos fãs e uma linguagem mais apropriada para o século XXI. Christopher Eccleston e Billie Piper viriam a trazer toda uma nova geração de fãs para a série.
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